Ａ　１年以上事業を行っていた労災保険の適用事業の労働者さんが倒産に伴い破産手続開始の申立などの６か月前の日から２年の間に退職し未払い賃金が２万円以上ある方はご質問の対象と考えられます。
この際の労働者とは、倒産した事業に使用され、労働の対償として賃金の支払を受けていた人（パート・アルバイト等を含みます。）で代表権を有する会社役員等は対象になりません。
また、倒産とは次のいずれかの場合に該当することと言うとされています。
① 　破産手続の開始、特別清算の開始、再生手続の開始又は更生手続きの開始の申立てが行われ、裁判所がそれについての開始の決定又は命令を行った場合
② 　中小企業事業主（注１）に該当し、労働者の申請に基づき、
ア　事業活動が停止し（注２）
イ　再開する見込みがなく、（注３）
ウ　賃金の支払能力がない、（注４）
ことについて、労働基準監督署長が認定した場合

注１　事業活動に著しい支障を生ずる前（概ね１年前）に、以下のいずれかの要件を満　　たす事業主をいいます。
業種　　　　　　　　　常時使用する労働者数又は資本金の額
一般産業　　　　　　　　300人以下又は3億円以下
卸売業　　　　　　　　　100人以下又は1億円以下
サービス業　　　　　　　100人以下又は5千円以下
小売業（飲食店等含む）　50人以下又は5千円以下

注２　事業場が閉鎖され、労働者全員が解雇されるなどにより、その事業本来の事業活動が停止した場合をいい、事業廃止のため必要な生産活動を行っているに過ぎない場合は該当しますが、事業規模を縮小してその事業本来の事業活動を継続している場合は該当しません。
注３　一般的には、事業主の再開の意図を放棄し、又は生産活動に入るなどにより再開する見込みがなくなった場合をいいます。
注４　一般的には事業主に賃金の支払いに充てられる資産がなく、かつ、資金の借入れ等を行っても賃金支払いの見込みがない場合をいい、負債額が資産額を上回る債務超過であることのみでは該当しません。

なお、この立替払い制度は、独立行政法人労働者健康福祉機構が行っており、立替払
金に相当する額について、労働者の賃金請求権を代位取得し、事業主等へ求償することとしています。

ところで、立替払の対象となる未払賃金は、退職日の6か月前の日から、機構への立替払請求の日の前日なでに、支払期日が到来している定期賃金（注5）と退職（注6）で、未払となっているものです。

注５　毎月一定期日に決まって支払われる賃金（労働基準法24条②項に規定するもの）で
税や社会保険料などを法定控除する前の額となります。そもそも賃金びならないもの
（実費弁償旅費他）や、賞与、臨時の賃金などは対象になりません。
注６　退職金制度があり退職規定等に定められた退職手当をいいます。

次に立替払いされる金額ですが未払賃金総額の100分の80です。
事後湯主の債権に基づき当該賃金から控除が予定されているもの（例えば、社宅料、物品購入代金、貸付返済金等）は控除されます。
未払賃金総額は退職日の年齢によって限度額があり以下のとおりとなっています。

つまり、未払賃金総額又は限度額いずれか低い金額の8割となります。

以上が概要ですが、手続きも含め詳しいことは社労士さんに相談されてから申請され
るのもいいのではないでしょうか？

さて、実際立替払いされた給与相当額は課税上どのように取り扱いされるのでしょう
か？
給与として勤務時代の給与と合わせて給与所得として確定申告するのでしょうか？

実は立替え払いされた額は退職所得として取り扱いされます。本来、労働の対償として
給与として課税されるところを、立替払いで受け取るときには退職しており、これに起因
して受給しているためだと思われます。
したがって「退職所得の受給に関する申告書・退職所得申告書」を提出し、退職所得控
除を受けることによって課税上有利に取り扱いされることになりますね。ただし、もともと、未払い賃金の全額を立替払いされているわけではないので決して得をしているとゆう訳ではないと思いますが。

Ａ「扶養控除等の是正」とゆう税務署の指導の一つと考えていただければと思います。
実際、御社で行った年末調整が間違っていたとゆう事実を税務署が把握したうえで通知がきておりますので、「扶養控除等（異動）申告書」の再確認及び従業員に再度是正対象になった扶養対象者の所得を再確認する必要があると思われます。
　考えられる誤りの例で多いものを列挙いたしますと、
１　扶養対象として控除を行っていた配偶者（妻又は夫）の給与収入(所得)が１０３万円（３８万）以内で働くつもりであったのが実際は超えていた。
　２　扶養対象として控除を行っていた大学生である子供達がアルバイトで働いており１０３万円以上稼いでいたが全く分からなかった。
これ以外の理由も考えられますが、扶養対象者の収入が多かった場合は対象者の所得証
明（市町村のもの）をとらせるなりして事実を解明すべきです。
　さて、実際、扶養対象者の所得が多く扶養控除等が受けられない場合は年末調整をやり直して本人から差額を追徴することになります。
　ここで、よく言われることですが「会社は本人の提出した扶養控除等申告書で年末調整を行っているのだから、従業員本人が確定申告をして直せばいいじゃないか」という意見です。実際従業員本人が確定申告をすれば、誤りは正されますが、金額によっては加算税や延滞税の対象になります。もちろん、従業員本人の自業自得ともいえないこともありませんが。
　この税務署が雇用主に行う「扶養控除等の是正」については実際に従業員から追徴して納付を行っても、本来加算税等の対象になりうる源泉所得税の追加納付について「事業主に責任がない」とゆう理由で加算税等が免除となっております。（この際同封された扶養是正専用の納付書で納める必要があります。）また、源泉税の遅滞履歴もつきません。（遅滞履歴がない場合その後の加算税の取り扱いが有利になる場合があります）
　従業員自身も家族のことをしっかり把握していなかった。または、扶養手当等が無くなるのがいやで会社に黙っていたなんてこともあるかもしれません。
　すこし、手間になりますが、しっかり従業員を指導して、場合によっては扶養手当等の返還などもありえますので、ちゃんとした対応をされることをお勧めいたします。